Osa amfetamiinimolekyyleistä kulkeutuu hiussuonten seinämien läpi maksasoluihin. Maksasolut sisältävät valtavan määrän entsyymejä, jotka muuntavat ja hajottavat aineita. Maksaentsyymit hajottavat myös osan amfetamiinimolekyyleistä. Aineenvaihduntatuotteet siirtyvät verenkiertoon ja jatkavat matkaansa kehon läpi. Maksa hajottaa lopulta noin puolet amfetamiinista. Loput amfetamiinit poistuvat kehosta alkuperäisessä muodossaan munuaisten tuottaman virtsan mukana.
Koska keho hajottaa amfetamiinia hitaasti, se pysyy kehossa huomattavan pitkään. Siitä syystä verestä testataan juuri amfetamiinia, eikä sen aineenvaihduntatuotteita. Aineenvaihduntatuotteet poistuvat kehosta nopeasti, joten niitä on vaikeampi havaita.