Heroïnegebruik gaat niet zonder lichamelijke gevaren. De werkzame morfine vermindert namelijk de activiteit van het ademhalingscentrum van de hersenen. Hierdoor is het mogelijk dat er een ademhalingsstilstand optreedt bij een overdosis. Dit is dodelijk.
Andere effecten van heroïne op de hersenen zijn: het stimuleren van braken, het verkleinen van de pupillen, de remming van hoestprikkels evenals het optreden van constipatie.