Doordat de MDMA-moleculen, net zoals alle andere drugs, goed in vet oplosbaar zijn, kunnen ze makkelijk door de bloedvaatjes van de bloed-hersen barrière. Dit, ondanks dat deze bloedvaatjes beter beveiligd zijn dan andere bloedvaatjes in het lichaam.
De MDMA-moleculen kunnen makkelijk tussen de neuronen bewegen en zullen hier hun psychische effect veroorzaken.