Een deel van de MDMA gaat door de wand van de bloedvaatjes de levercellen in. In deze levercellen zijn heel erg veel enzymen. Dit zijn een soort werkers die helpen bij het afbreken of veranderen van stoffen.
Zo worden de MDMA-moleculen ook afgebroken in de lever. Uiteindelijk is dat ongeveer 35 procent, de rest blijft ongewijzigd en zal ook in dezelfde vorm het lichaam weer verlaten.
Sommige van de afbraakproducten kunnen zelf ook een effect veroorzaken. Zo is bekend dat ongeveer 8 procent van de MDMA wordt omgezet in het metaboliet MDA. Dit afbraakproduct lijkt nog steeds sterk op MDMA en heeft dus ook een effect in de hersenen.