In de hersenen communiceren de hersencellen (neuronen) met elkaar door middel van signaalstoffen (neurotransmitters). MDMA-moleculen verhogen de communicatie tussen neuronen die werken met de neurotransmitter serotonine. Hierdoor verandert de activiteit in bepaalde hersendelen.
Hierover wordt meer informatie gegeven in de animatie Drugs in de Hersenen.